El excéntrico y autoproclamado científico loco Rintarou Okabe se ha convertido en un caparazón de su antiguo yo. Deprimido y traumatizado después de no haber podido rescatar a su amiga Makise Kurisu, decidió abandonar el alter ego de su científico loco y vivir como un estudiante universitario ordinario. Rodeado de amigos que saben poco de sus experiencias de viaje en el tiempo, Okabe pasa sus días tratando de olvidar los horrores de sus aventuras solo. Mientras trabajaba como recepcionista en un foro de tecnología de la universidad, Okabe se encuentra con Maho Hiyajo, quien es el intérprete en la presentación del foro, dirigido por el profesor Alexis Leskinen. Alexis y Maho, frente a una multitud aturdida, revelan a Amadeus, una IA revolucionaria capaz de almacenar los recuerdos de una persona y crear una simulación perfecta de esa persona completa con su personalidad y peculiaridades.
Tras reunirse con Maho y Alexis después de la presentación, Okabe se entera de que los dos eran colegas de Kurisu en la universidad y que la han simulado en Amadeus. Contratado por Alexis para investigar el comportamiento de la simulación, Okabe tiene la oportunidad de interactuar con la sombra de una querida amiga perdida hace mucho tiempo. Peligrosamente enredado en el pasado, Okabe debe enfrentar la dura realidad y maniobrar cuidadosamente en torno a las desastrosas consecuencias que vienen con perturbar el flujo natural del tiempo.
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